Hệ thống hóa đơn điện tử lưu vết toàn bộ dữ liệu của người mua, người bán nên trường hợp người mua, người bán có hành vi mua, bán hóa đơn không hợp pháp sẽ bị phát hiện và xử lý theo quy định của pháp luật.
Hiện nay, Tổng cục Thuế đã đẩy mạnh công tác quản lý hóa đơn dựa trên kết quả phân tích rủi ro theo các tiêu chí đánh giá để xác định người nộp thuế có rủi ro cao là người nộp thuế có nhiều dấu hiệu nghi ngờ gian lận trong sử dụng hóa đơn để đưa vào kiểm tra, thanh tra.
Cùng với đó, Tổng cục Thuế cũng tăng cường đối chiếu thông tin giữa dữ liệu người nộp thuế tại hồ sơ khai thuế và dữ liệu hóa đơn điện tử mà người nộp thuế đã khởi tạo và gửi cơ quan thuế, để đưa ra danh sách người nộp thuế có sự sai lệch giữa hồ sơ và dữ liệu, đảm bảo doanh nghiệp khai đúng, đủ, không trì hoãn thời gian nộp thuế.
Ngành Thuế cũng đã thực hiện các chức năng kiểm soát thông tin hóa đơn điện tử, kiểm tra các dấu hiệu cảnh báo sớm giúp đưa ra các trường hợp cần giám sát, kiểm tra thường xuyên. Tiến tới phòng ngừa từ sớm, từ xa việc xuất khống hóa đơn điện tử, sẽ có cảnh báo tới người nộp thuế về sự bất thường hoặc đột biến so với hoạt động kinh doanh thông thường, trong việc sử dụng hóa đơn ngay khi người nộp thuế thực hiện xuất hóa đơn. Việc này sẽ được thực hiện theo ngày để ngăn chặn cảnh báo việc xuất hóa đơn của người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro.
Tổng cục Thuế cho biết, cơ quan này đã nghiên cứu, áp dụng công nghệ xử lý dữ liệu lớn, công nghệ trí tuệ nhân tạo vào thực hiện phân tích dữ liệu hóa đơn điện tử với các nội dung như: xử lý ngôn ngữ tự nhiên, học máy, thống kê nhận biết tên hàng hóa, dịch vụ; xác định giá trị hàng hóa bất thường; xác định chuỗi mua bán giữa các doanh nghiệp giúp Trung tâm phân tích dữ liệu hoá đơn điện tử có thể phát hiện ra những trường hợp gian lận, nghi ngờ mua bán hóa đơn với xâu chuỗi nhiều doanh nghiệp tham gia.
Thời gian tới, ngành Thuế sẽ phối hợp chặt chẽ hơn với cơ quan điều tra, Bộ Công an để xử lý theo quy định đối với doanh nghiệp bán hóa đơn; truy vết xử lý doanh nghiệp mua hóa đơn và xử lý triệt để tình trạng bao che cho những hành vi vi phạm pháp luật trong sử dụng hoá đơn.
Đặc biệt, ngành Thuế tiếp tục rà soát đối với các cá nhân, tổ chức có mua hóa đơn để kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng, hoàn thuế, hợp thức hóa hàng hóa trôi nổi, giảm chi phí tính thuế thunhập doanh nghiệp,… thì thực hiện xử lý nghiêm minh, kịp thời theo quy định của pháp luật.
Đồng thời tuyên truyền, phổ biến đến người dân, doanh nghiệp trong việc sử dụng hóa đơn không hợp pháp để hợp thức kê khai thuế sẽ bị phạt về hành vi trốn thuế và truy cứu trách nhiệm hình sự. Đối với hành vi bán hóa đơn sẽ bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo Bộ Luật hình sự.